(一)农户自愿申请
耕地地力保护补贴采取自愿申请的方式。
市级补贴:农户通过手机或电脑在网上填报补贴信息，由所在村村委会初步核实后，导出并打印《北京市耕地地力保护补贴申请表》，一式三份。经本人确认，报送村委会两份，本人留存一份。
区级补贴:农户到村委会领取《怀柔区耕地地力保护补贴申请表》(附件1)，按照要求如实填写，一式三份，在规定的时间内报村委会两份，本人留存一份。
(二)村委会公示确认
村委会确认填报(市、区两级申请表)信息真实有效，分别张榜公布市级、区级耕地地力保护补贴申请者姓名、补贴面积、补贴金额等，公示期为7天，公示内容(附件5)须留档(复印件或影像资料)。出现争议的，由村委会负责协调解决。村委会确认无异议后，导出并打印《北京市耕地地力保护补贴村级汇总确认表》，同时填写《怀柔区耕地地力保护补贴村级汇总确认表》(附件2)，每个表一式三份，一并上报所在镇(乡)政府两份，村委会存档一份。同时，上报所在镇(乡)政府农户申报数据及《北京市耕地地力保护补贴申请表》、《怀柔区耕地地力保护补贴申请表》一套、公示留档资料一套。
(三)镇(乡)政府审核镇(乡)政府负责审核工作。镇(乡)农业部门逐村审核申报资料无问题后，导出并打印《北京市耕地地力保护补贴镇(乡)级汇总审核表》，同时填写《怀柔区耕地地力保护补贴镇(乡)级汇总审核表》(附件3)，每个表一式三份，一并报区农业农村部门两份，镇(乡)农业部门存档一份。同时，上报区农业农村部门审核数据及《北京市耕地地力保护补贴村级汇总确认表》，《怀柔区耕地地力保护补贴镇(乡)级汇总审核表》一套，及提交市级、区级补贴村级公示情况的说明(附件6)。
(四)区政府批准区农业农村部门逐镇(乡)核实申报资料无误后，导出并打印《北京市耕地地力保护补贴区级认可汇总表》，同时填写《怀柔区耕地地力保护补贴区级认可汇总表》(附件4)，一并报区政府批准;区政府对上报的《北京市耕地地力保护补贴区级认可汇总表》、《怀柔区耕地地力保护补贴区级认可汇总表》批复同意后，由区农业农村部门将批复的《北京市耕地地力保护补贴区级认可汇总表》和批准数据报送市农业农村局。
(五)补贴资金发放市农业农村局核实各区批准数据后，将数据对接北京民生卡财政资金发放服务系统审核。数据审核无误后 由市财政局通过北京民生卡财政资金发放服务系统将补贴资金 (每亩300元)发放到补贴对象指定的银行账户中。区农业农村局根据区政府的批复，将区级认可汇总表报区财政局，由区财政局将区级配套补贴资金(每亩 100元)指标划拨到各相关镇(乡)，由镇(乡)财政所拨付补贴资金到补贴对象指定的银行账户中。区级配套耕地地力保护补 贴资金要足额发放 到补贴对象手中，禁止发放现金，禁止将补贴资金用于抵扣农民交费。